Projekty Version Cue są składowane na serwerach Version Cue. W projektach znajdują się kopie wzorcowe plików dodanych do projektu, a także wersje plików i inne dane, np. komentarze i daty wersji. Jeżeli serwer Version Cue oznaczono jako widoczny dla innych, a projekty są udostępniane, dostęp do projektów ma wielu użytkowników. Projekty mogą zawierać zarówno pliki Adobe, jak i innych aplikacji.

Po pierwszym otwarciu projektu Version Cue, na komputerze tworzony jest folder o nazwie "Version Cue". Jest on umieszczany w folderze Moje dokumenty (Windows) lub Dokumenty (Mac OS). W nowym folderze Version Cue tworzony jest z kolei podfolder dla danego projektu. Version Cue tworzy również skrót do projektu, który pojawia się w przeglądarce Bridge i w oknie dialogowym Adobe po kliknięciu ikony Version Cue w 'Ulubionych'.

Projekty mogą tworzyć i administrować nimi tylko tacy użytkownicy, którym przydzielono stosowne przyzwolenia w narzędziu Administracja serwera Version Cue.