Pliki i foldery można usuwać za pomocą przeglądarki Bridge lub dowolnego składnika pakietu Creative Suite, który obsługuje środowisko Version Cue. Usuwanie pliku lub folderu z systemu Version Cue to proces dwufazowy, chroniący przed przypadkowym usunięciem.
Pierwszy etap polega na usunięciu pliku lub folderu i nadaniu mu stanu "Usunięty". Usunięcie pliku lub folderu ukrywa go w widoku normalnym, ale nie powoduje skasowania. Drugi etap polega na nieodwracalnym usunięciu i wymazaniu pliku lub folderu wraz z jego wcześniejszymi wersjami.
W programie Bridge oraz składnikach pakietu Adobe Creative Suite, które obsługują środowisko Version Cue, można wyświetlić pliki projektu o stanie 'Usunięte' w widoku Kosza projektu. Pliki i foldery o stanie 'Usunięte' można odzyskiwać, aby ponownie objąć je zarządzaniem przez środowisko Version Cue. Version Cue będzie wyświetlać odzyskane i foldery pliki w poprzednim położeniu w hierarchii folderów projektu.
Plik lub folder zostanie odtworzony w tym samym miejscu w projekcie Version Cue, które poprzednio zajmował.