Projekt Version Cue możesz usuwać za pomocą programu Bridge lub dowolnego składnika pakietu Adobe Creative Suite, który obsługuje Version Cue, a także za pomocą narzędzia Administracja serwera Version Cue. Nie można usunąć projektu, jeżeli jakiś użytkownik ma pliki oznaczone jako Pobrany do edycji lub Używany (Acrobat).
Usunięcie projektu powoduje nieodwracalne wymazanie wszystkich jego plików (wraz z wersjami) oraz folderów z serwera Version Cue. Kasuje także skróty do projektu i lokalne pliki projektu na twoim komputerze. Lokalne pliki projektu utworzone na komputerach innych użytkowników nie są usuwane, dopóki użytkownicy ci nie odłączą się od usuniętego projektu.