ניתן למחוק קבצים או תיקיות מסוימים ב- Bridge, או מכל רכיב אחר של Adobe Creative Suite שהופעלה בו Version Cue. מחיקת קובץ או תיקייה מ- Version Cue היא תהליך של שני צעדים, המונע מחיקות בטעות.
הצעד הראשון הוא מחיקת הקובץ או התיקייה ושינוי המצב שלהם ל'נמחק'. פעולת המחיקה מסתירה את הקובץ או את התיקייה בתצוגה רגילה אך אינה מוחקת אותם. השלב השני הוא מחיקה לתמיד של הקובץ או התיקייה ושל הגרסאות הקודמות שלהם.
ב- Bridge וברכיבי Adobe Creative Suite שהופעלה בהם Version Cue, ניתן לצפות בקובצי פרוייקט הנמצאים במצב 'נמחק' בתצוגת 'פח האשפה של פרוייקטים'. ניתן לשחזר קבצים או תיקיות הנמצאים במצב 'נמחק' כדי להחזיר לקדמותו את מצב הניהול שלהם ב- Version Cue. קבצים ותיקיות ששוחזרו יופיעו במיקום הקודם שלהם בעץ התיקיות של הפרוייקט.
הקובץ או התיקייה ישוחזרו במיקום המקורי שלהם בפרוייקט Version Cue.