Sie können ein Version Cue-Projekt in Bridge oder in einer Adobe Creative Suite-Komponente, die Version Cue unterstützt, oder mithilfe von Version Cue Server Administration löschen. Ein Projekt kann nicht gelöscht werden, wenn Dateien eines Benutzers als „Ausgecket“ oder „Verwendet“ (Acrobat) gekennzeichnet sind.
Beim endgültigen Löschen eines Projekts werden alle zugehörigen Dateien (sowie Versionen) und Ordner auf dem Version Cue-Server sowie Verknüpfungen mit dem Projekt und die lokalen Projektdateien auf dem Computer gelöscht. (Die lokalen Projektdateien, die auf den Computern anderer Benutzer erstellt wurden, werden erst gelöscht, wenn die Verbindung mit dem gelöschten Projekt getrennt wird.)