Zarządzanie plikami w środowisku Version Cue zapewnia dostęp do projektów Version Cue. Funkcja zarządzania jest domyślnie włączona w przeglądarce Bridge CS3 oraz we wszystkich składnikach pakietu Creative Suite, które obsługują Version Cue, z wyjątkiem programów Flash i Acrobat 8. W programach Flash i Acrobat 8 trzeba zarządzanie plikami przez Version Cue trzeba włączać i wyłączać ręcznie.

Jeżeli wyłączy się zarządzanie plikami przez Version Cue w jednym składniku pakietu Creative Suite, to zostanie ono wyłączone we wszystkich składnikach tego pakietu, które obsługują Version Cue, z wyjątkiem programów Acrobat, Flash i Bridge. Jeżeli wyłączy się zarządzanie plikami przez Version Cue w programie Bridge, to zostanie ono wyłączone we wszystkich składnikach pakietu Creative Suite, które obsługują Version Cue, z wyjątkiem programów Acrobat i Flash.

Wyłączenie zarządzania plikami przez Version Cue oznacza wyłączenie dostępu do wszystkich projektów Version Cue na wszystkich serwerach Version Cue.