A Version Cue-projektek a Version Cue-kiszolgálókon tárolódnak. A projektekben tárolódnak a projektet képező fájlok főpéldányai, illetve a fájlok verzióadatai, például a megjegyzések és verziódátumok. Ha a Version Cue-kiszolgáló láthatóként van beállítva, és a projektek meg vannak osztva, több felhasználó is elérheti a projekteket, amelyek Adobe és nem Adobe fájlokat is tartalmazhatnak.
Amikor először nyitja meg a Version Cue-projektet, a Version Cue létrehoz egy „Version Cue” nevű mappát a Dokumentumok mappában (Windows, Mac OS), és hozzáadja a projekt mappáját a Version Cue mappához. A Version Cue egy parancsikont is létrehoz a projekthez a Bridge programban és az Adobe párbeszédpanelen, ha a Kedvencek panelen a Version Cue ikonra kattint.
Projekteket akkor hozhat létre és kezelhet, ha a Version Cue Kiszolgálófelügyeletben megfelelő engedélyekkel rendelkezik.