Ha olyan projektet nyitott meg, amelynek két különböző Version Cue-kiszolgálón ugyanaz a neve, úgy tűnhet, hogy a Version Cue több példányt hoz létre a helyi projektfájlokat tartalmazó mappából, de ezek valójában a két különböző kiszolgálóról elérhető két különböző projekt helyi projektfájlokat tartalmazó mappái. A Version Cue a mappák nevét a projektnévből és egy számból hozza létre (például project_001, project_002). Ezeket a mappákat törölheti, ha mentette a helyi projektfájlok verzióit a Version Cue-kiszolgálóra. (Egyszerűen figyelmen kívül is hagyhatja a több helyi projektfájlmappát.)

A helyi projektfájlmappák törléséhez az Adobe Bridge alkalmazásból szüntesse meg a csatlakozást az egyes projektekhez (lásd: Kapcsolat bontása projektekkel).