תיקיית הנתונים כוללת קבצים השומרים על שלמות פרוייקטים, גרסאות קובץ ומטא-נתונים של Version Cue. ניתן לשנות את מיקום תיקיית הנתונים, אך לא ניתן להעביר אותה למיקום ברשת. אם תעבירו את תיקיית הנתונים לדיסק חיצוני ב- Mac OS, הקפידו לבטל את הבחירה באפשרות 'התעלם מהרשאות קובץ' בתיבת הדו-שיח 'קבל פרטים' של הדיסק.
ב- Windows, לחצו פעמיים על הסמל בשורת המשימות, בפינה הימנית התחתונה של המסך.
ב- Mac OS, לחצו על הסמל Version Cue בשורת התפריט שבראש המסך, ובחרו בתפריט 'העדפות Version Cue CS3'.
פתחו את החלונית 'בקרה' ולחצו פעמיים על Adobe Version Cue CS3 (Windows) או לחצו על Adobe Version Cue CS3 ב'העדפות מערכת' (Mac OS).