Du kan fjerne filer, du ikke selv har tjekket ud, fra din lokale projektmappe, hvis du f.eks. vil frigøre plads på harddisken. Filer, som er tjekket ind og gemt på Version Cue-serveren, påvirkes ikke af, at lokale projektfiler fjernes. Version Cue opretter nye lokale projektfiler, næste gang du synkroniserer projektet.