Du kan slette et Version Cue-projekt i Bridge eller en Version Cue-aktiveret Adobe Creative Suite-komponent eller ved at bruge Administration af Version Cue-server. Du kan ikke slette et projekt, hvis en bruger har filer, der er markeret som Tjekket ud eller I brug (Acrobat).
Sletning af et projekt betyder, at alle dets filer (herunder versioner) og mapper permanent slettes fra Version Cue-serveren. Desuden slettes genveje til projektet og de lokale projektfiler på computeren. (De lokale projektfiler, der er oprettet på andre brugeres computere, slettes ikke, før de afbryder forbindelsen til det slettede projekt).